SN/T 4626-2016.Protocol for species identification based on DNA barcode databases.
1范围
SN/T 4626规定了我国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统的鉴定流程。
SN/T 4626适用于我国动物植物与口岸卫生检疫性有害生物的DNA条形码物种鉴定。
2术语和定义
下列术语和定义适用于本文件。
2.1DNA条形码技术DNAbarcoding
利用标准化的、有足够变异的、易扩增且相对较短的基因片段,用于物种鉴定和新种发现的生物身份识别技术。
2.2中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统
DNA barcode appraisal system on Chinese quaran-tinepests
2.3 s值与E值S-score and E-value
S值(S-score)表示两条DNA序列(查询序列和目标序列)的相似程度,分值越高表明它们之间相似的程度越大。E值(E-value)是S值可靠性的评价。E值表示在随机情况下,其他目标序列与查询序列的相似度要高于查询序列和目标序列相似度的可能性。E值越低,S值越可靠,也就是说目标序列和查询序列相似度越高。当E值小于10的-5次方时,表明两序列有较高的相似性。
2.4 FASTA格式FASTA format
在生物信息学中,一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名和注释。序列文件的第一行是由大于号“>”开始,用于序列标记。从第二行开始为序列信息，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸只用大写字母。
SN/T 4626-2016 DNA条形码物种鉴定操作规程
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